Bei organischen Düngern werden meist Abfallstoffe aus der Landwirtschaft als Pflanzendünger verwendet. Die Abfallstoffe können tierischen oder pflanzlichen Ursprungs sein. Organischer Pflanzendünger kann aber auch künstlich hergestellt werden. Organische Pflanzendünger haben im Vergleich zu anorganischen Düngern den Vorteil, dass ihre Wirkung in der Regel länger anhält, und dass sie nicht so leicht aus dem Boden ausgewaschen werden. Zu den organischen Pflanzendüngern zählen z.B. Jauche, Pferdemist, Mist, Gülle, Guano, Klärschlamm, Fischmehl oder Kompost. Bei anorganischen Düngemitteln liegen die Nährstoffe bzw. Spurenelemente häufig in Form von Salzen vor. Meist wird anorganischer Dünger im Bergbau gewonnen, was wiederum zur Folge hat, dass für die Herstellung enorme Mengen an Energie benötigt werden. Problematisch bei anorganischen Pflanzendünger ist die Tatsache, dass an den Phosphatsalzen häufig giftige Schwermetalle angelagert sind, die dann über den Nahrungskreislauf aufgenommen werden. Deshalb wird das Phosphat für die Pflanzendünger - Herstellung nur metallarmen Lagerstätten abgebaut. Anorganischer Pflanzendünger wird im Boden zwar schneller ausgewaschen als organischer Dünger, er hat aber den großen Vorteil, dass die Zusammensetzung der Nährstoffe genau dosiert werden können. Bei organischem Pflanzendünger ist der Nährstoffgehalt von Fall zu Fall verschieden, so dass eine genaue Dosierung kaum möglich ist. Allerdings lässt sich organischer Pflanzendünger leicht selbst herstellen, in dem man Pflanzenabfälle auf dem Komposthaufen kompostiert.